A exploração dos recursos hídricos, minerais, vegetais e humanos de toda a bacia do Rio São Francisco durante 500 anos trouxeram danos, alguns irreparáveis, a toda a região. Assoreamento, desmatamento, erosão e poluição são problemas enfrentados pela população do vale há anos, e o tipo de impacto ambiental está diretamente ligado à atividade econômica desenvolvida em cada região.
O uso indiscriminado dos recursos naturais é, atualmente, o maior perigo à sobrevivência do rio. Certas análises apontam que esses abusos podem resultar em um desgaste e até mesmo esgotamento dessas fontes.
No Alto São Francisco, a concentração demográfica, as atividades econômicas do quadrilátero ferrífero e as indústrias de transformação da Grande Belo Horizonte respondem pela degradação ambiental daquele trecho. Além destes, o garimpo de diamantes desfigura o leito do rio com grandes dragas, lançando depois o material retirado em suas margens que voltam ao rio nas enxurradas.
Ainda no Alto São Francisco, mas já entrando no Médio e Sub-Médio, a principal fonte de poluição é a agricultura, praticada sem preocupações com a preservação dos recursos hídricos. Os projetos de irrigação e a agricultura provocam o desmatamento da mata ciliar e, conseqüentemente, carregam sedimentos para o leito do Rio. A vegetação nativa, que em 1970 cobria 85% dos 12 milhões de hectares do norte de Minas Gerais, em 1990 estava reduzida a 35%. E a cada ano, mais de 400 mil hectares de cerrado são desmatados na bacia, o equivalente a mais de mil hectares por dia.
O desmatamento das margens do lago da represa de Três Marias, assim como de vários trechos das margens do Velho Chico, provoca processos violentos de erosão, como a voçoroca acima. Foto: Fernando Zarur
A construção de hidrelétricas ao longo do rio também é um grave problema, que põe em risco sua própria existência. Além das transformações significativas que obras como barragens e usinas provocam na área onde são instaladas, com reflexos diretos na vegetação e vida animal, o regime das águas também é afetado. No Baixo São Francisco, uma preocupação de cientistas e ambientalistas é a regularização do fluxo de água, prejudicado e tornado irregular com todas as mudanças feitas no percurso e pelo uso excessivo do recurso.
As sucessivas barragens feitas ao longo do rio provocam um processo quase irreversível de assoreamento, pois diminuem a correnteza natural, formam bancos de areia e transformam os drenos naturais de água em áreas pantanosas. Além disso, a regularização dessas usinas tem provocado efeitos também na atividade pesqueira e na cultura do arroz feitas pela população da área. A extinção de lagoas e várzeas naturais onde ocorria a reprodução e captura dos peixes, e onde tradicionalmente se fazia a plantação do arroz, ameaça a sobrevivência de espécies naturais e da própria população local.